حسابداری بازرگانی همانگونه که از اسمش پیداست مخصوص شرکت های بازرگانی است که برای کسب سود تاسیس شده اند. این شرکت ها برای اهداف بازرگانی و کسب سود به فعالیت می پردازند و اساس ارائه خدمات و کالای آنها بر همین هدف کسب سود استوار است بنابراین نرم افزار حسابداری مخصوص به خود را دارند. بنابراین :

تفاوت اول در اهداف این دو نهفته است.

هدف اصلی موسسات بازرگانی تحصیل سود است . و منظور اصلی ازتاسیس سازمانهای دولتی ارائه خدمات و کالا به مردم جهت رفع نیازهای اساسی آنان ، افزایش رفاه ، انجام وظایف ناشی از تصدی دولت و … می باشد .

تفاوت دوم در صورتهای مالی است .

طبق استانداردهای حسابداری ، صورتهای مالی اساسی در حسابداری بازرگانی عبارت است از:
الف : ترازنامه
ب : سود و زیان
ج : صورتحساب سود و زیان انباشته
د : صورت جریان وجوه نقد

و یادداشتهای مالی که جزء لاینفک صورتهای مالی اساسی است و بدون آنها خیلی از موارد مربوط به حسابها که در ترازنامه آمده است افشا نمی شود.

صورتهای مالی سازمانهای دولتی :
الف : ترازنامه هر یک از حسابهای مستقل و تراز نامه ترکیبی از کلیه حسابهای مستقل
ب: صورتحساب درآمدها ، هزینه ها و تغییرات در مازاد برای هر یک از حسابهای مستقل و نیز صورتهای ترکیبی آنها
ج: صورت مقایسه درآمدهای شناسایی شده با در آمدهای پیش بینی شده و هزینه های انجام شده با اعتبارات مصوب

تفاوت سوم بین حسابداری بازرگانی و دولتی در اجرای قوانین و مقررات است.

در حسابداری دولتی ، قوانین و مقررات علاوه بر نظارت وحاکمیت بر عملیات حسابداری تعیین کننده اختیارات ، وظایف و مسئولیتهای ذیحسابان ، مدیران و مسئولان مالی و اداری سازمانهای دولتی نیز هستند . این قوانین و مقررات حتی در صورت تضاد با اصول پذیرفته شده حسابداری تا زمانی که تغییر نیافته یا اصلاح نشده اند لازم الاجرا هستند .

چهارمین تفاوت لزوم تهیه و اجرای بودجه و اعمال کنترل بودجه ای است.

کنترل بودجه ای از مقایسه درآمدهای پیش بینی شده با درآمدهای وصول شده ( تحقق یافته) و اعتبارات پیش بینی شده در بودجه مصوب در مقایسه با هزینه های انجام شده صورت میپذیرد .

پنجمین تفاوت در حسابهای مستقل است.

یکی از اساسی ترین تفاوتهای بین حسابهای دولتی و بازرگانی وجود حسابهای مستقل می باشد . هر حساب مستقل عبارت است از وجوه نقد یا سایر داراییها و منابع مالی که برای اجرای برنامه ها و عملیات معین یا نیل به اهداف مشخص طبق قوانین و مقررات ایجاد میشود .

ششمین تفاوت در مبنای حسابداری است که ایندو از آن پیروی می کنند.

در سیستم حسابداری بازرگانی از مبنای تعهدی استفاده میشود ولی در حسابداری دولتی میتوان از مبنای نقدی ، تعهدی ، نیمه تعهدی ، تعهدی تعدیل شده و نقدی تعدیل شده استفاده کرد .

هفتمین تفاوت در شکل و ترکیب سازمانی و حدود مسئولیت است. 

در سازمانهای دولتی حدود ، وظایف ، اختیارات و مسئولیت کارکنان بوسیله قانون و مقررات تعیین شده اند و مدیران این قبیل از موسسات در مقابل عموم مردم قوه مقننه ، قوه قضاییه و بالاخره روسای خود مسئولند.

بر اساس موارد بالا ، نرم افزار حسابداری شرکت های بازرگانی با نرم افزار حسابداری دولتی متفاوت خواهد بود و این دو گرچه نرم افزار حسابداری نامیده می شوند ولی دارای ویژگی های خاص خود می باشند.